ஆரியச்சக்கரவர்த்தி வம்சத்தவரின் ஆட்சி 1240களில் இருந்து 1620 வரை ஏறத்தாழ 380 ஆண்டுகள் நிலைத்திருந்தது. இக்காலப் பகுதியில் பரராசசேகரன் என்ற சிம்மாசனப் பெயரைக் கொண்ட மன்னர்கள் குறைந்தது 6 பேராவது இருந்ததாகத் தெரிகிறது.[1] இவர்களில் எந்தப் பரராசசேகரன் காலத்தில் இக்கோயில் உருவானது என்பது தெரியவில்லை. இதனால் இது தோன்றிய காலம் பற்றி எதுவும் கூறமுடியாது. ஆரியச் சக்கரவர்த்தி வம்ச ஆட்சியின் தொடக்க காலத்திலேயே இணுவில் ஒரு முக்கியமான ஊராக இருந்ததுடன் அரசரின் பிரதிநிதி ஒருவரும் அங்கு இருந்ததாக யாழ்ப்பாண வைபமாலை கூறுகிறது. இதனால், இணுவில் 13 ஆம் நூற்றாண்டிலேயே அரசத் தொடர்புள்ள ஊராக இருந்திருக்க வாய்ப்பு உள்ளது.

யாழ்ப்பாண அரசர் காலத்தில் இக்கோயிலை அண்டி ஒரு மடம் இருந்தது. கோயிலுக்கு வருபவர்கள் இதைப் பயன்படுத்தி வந்தனர். யாழ்ப்பாணத்தைப் போத்துக்கேயர் கைப்பற்றியபின்னர் இராச்சியத்தில் இருந்த எல்லா இந்துக் கோயில்களையும் இடித்தனர். அவ்வேளை இக் கோயிலில் இருந்த பிள்ளையார் சிலையை ஒழித்து வைத்த மக்கள் அக்கட்டிடத்தை ஒரு மடம் எனக்கூறியதால் அக்கட்டிடத்தைப் போத்துக்கேயர் இடிக்காமல் விட்டனர்.[2]

போத்துக்கேயருக்குப் பின்னர் வந்த ஒல்லாந்தரும் தமது 138 ஆண்டுக்கால ஆட்சியில் சைவ வழிபாட்டுக்கு இடமளிக்கவில்லை. இறுதிக் காலத்தில் சில ஆண்டுகள் அவர்களது கட்டுப்பாடுகளில் தளர்வு ஏற்பட்டபோது ஆங்காங்கே கோயில்களும் அமைக்கப்பட்டன. இக்காலத்தில் பரராசசேகரப் பிள்ளையார் கோயிலிலும் வழிபாடுகள் தொடங்கியிருக்கக்கூடும். ஆங்கிலேயர் 1796ல் யாழ்ப்பாணத்தைக் கைப்பற்றிய பின்னர் வழிபாட்டுச் சுதந்திரம் கிடைத்தது. 1800களில் பழைய கோயில் கட்டிடம் திருத்தப்பட்டுக் குடமுழுக்கும் இடம்பெற்றதாகத் தெரிகிறது. இக்காலத்தில், கருவறையுடன், அர்த்தமண்டபம், மகாமண்டபம் ஆகியவற்றையும் கொண்டிருந்த இக்கோயில் சிறியதாக இருந்தது. அக்காலப்பகுதியில் பூசைகள் ஒழுங்காக நடைபெற்று வந்ததுடன், திருவிழாக்களும் இடம்பெற்றதாக அறியமுடிகின்றது.[3]

1928 ஆம் ஆண்டுக்குப் பின்னர் மீண்டும் திருத்த வேலைகளும், புதிய கட்டிடவேலைகளும் இடம்பெற்றன. 1939ல் குடமுழுக்கும் செய்யப்பட்டது. இதன் பின்னரும் பல தடவைகள் திருப்பணி வேலைகள் இடம்பெற்றுக் கோயில் விரிவாக்கப்பட்டது. தற்போது பல மண்டபங்கள், இராசகோபுரம், மணிமண்டபம் என்பவற்றைக் கொண்டதாக இக்கோயில் விளங்குகிறது.

இக்கோயிலில் மூல மூர்த்தியான விநாயகருடன் பஞ்சமுக விநாயகர், லட்சுமி, சுப்பிரமணியர், வைரவர், சண்டேசுவரர், நவக்கிரகம் என்போர் பரிவார மூர்த்திகளாக உள்ளனர்.

எண்களுடன் கூடிய வரிசை உறுப்பினர்.

அ. க. பொன்னம்பலபிள்ளை இக்கோயிலுக்குத் திருவூஞ்சல் பாடியுள்ளார்.

வீரமணி ஐயரும் இக்கோயில் இறைவன் மேல் ஊஞ்சல் பதிகம் பாடியுள்ளார்.

வித்துவான் இ. திருநாவுக்கரசு பரராசசேகரப் பிள்ளையார் மேல் திருத் தோத்திரப் பத்து என்னும் பதிகம் ஒன்றையும் பாடியுள்ளார்.

வைகாசி சதயத்தில் கொடியேறித் திருவாதிரையில் தேரும் அடுத்துத் தீர்த்தோற்சவமும் நடைபெறுகின்றன. இங்கு மூன்று தேர்கள் பவனியில் கலந்து கொள்கின்றன.